Opetussuunnitelmalla voi olla joko yleisiä tai OPS-kohtaisia sääntöjä, joiden tarkoituksena on varmistaa OPSien linjakkuus, yhdenmukaisuus ja laadukkuus. Sääntöjen avulla voidaan kontrolloida esim. sitä, ettei Pepistä siirry julkaisujärjestelmään tai Pepin perusrekisterin puolelle puutteellista tai virheellistä dataa.
Korkeakoulussa käytössä olevat opetussuunnitelmien säännöt määritellään Pepin pääkäyttäjän toimesta Suunnittelijan työpöydällä, navigaatiovalikon kohdasta Ylläpito → Opetussuunnitelman säännöt.
Tarkempaa tietoa sääntöjoukkojen ja sääntöjen luomisvaiheesta: Opetussuunnitelmien säännöt